Efter att i åratal ha livnärt sig på atomavfall dumpat till sjöss krälar ett reptilliknande monster upp ur havet för att tillintetgöra första bästa stad. Och detta är bara början! Snart muterar monstret och växer sig större och större, tills det mäter hiskeliga 120 meter över havet, varefter det sätter riktning mot miljonstaden Tokyo. Regeringen och militären gör allt i sin makt för att försöka stoppa vidundret. Men snart ska det visa sig att människan är ett ännu värre hot än något monster…

Året är 1855, och det tidigare isolerade Japan står inför förändring. När hotet från de amerikanska imperialisterna uppdagas, utlyser en feodalherre ett maratonlopp för att få sina samurajer i form. Samurai Marathon 1855 är baserad på det verkliga maraton - i Japan känt som Ansei Tooashi - som sedan dess har blivit en tradition. En episk berättelse om hjältemod och maktkamp.