Denna magiska berättelse handlar om en revolutionerande maskin som gör det möjligt för forskare att ta del av och dokumentera deras patienters drömmar. När maskinen blir stulen, skickas en orädd detektiv och en framstående psykolog för att hämta tillbaka den innan den hamnar i "dröm-terroristens" händer.

Ash, Pikachu och resten av Pokemon-gänget försöker stoppa några tjuvar som gömmer sig i Alto Mares kanaler. Under äventyret träffar gänget på två nya Pokemons, syskonen Latias och Latios, vars uppgift är att skydda Droplet of the Heart - en mycket värdefull skatt.

Pokémontränaren Ash Ketchum och hans vänner Misty (Vatten-Pokémontränare) och Tracy (Pokémon-skådare) är ute på en båttur, men råkar ut för en storm som för dem till De Orangea Öarna (The Orange Islands). Där får de veta att en profetia har slagit in, och att världen hotas att bli översvämmad av en jättevåg. Bara "Den Utvalde" kan stoppa profetian från att slå in, och det visar sig vara Ash som är den utvalde. För att rädda världen från undergång måste Ash samla på sig tre klot från tre olika öar (Eldön, Blixtön och Isön), för att sedan förena dessa i ett tempel på den stora ön som ligger i samband med de tre övriga.

Ash Ketchum är idag tio år, vilket betyder att han är gammal nog att bli en Pokémon-tränare. Han drömmer om de äventyr som han kommer att vara med om efter att han fått sin första Pokémon.