Elitsoldaten Deunan Knute tas i ett överfall till den utopiska staden Olympus. Olympus är den perfekta staden där människor och Biorider lever i full harmoni med varandra och människors ondska är bortavlad. Men den hotas av terrorister. Mänskliga terrorister. Deunan är den perfekta elitsoldaten förkroppsligad. Hennes uppdrag är att tillsammans med sin expartner Briaros rädda Olympus livsviktiga serum Appleseed undan från terroristerna. Men vem har egentligen rätt – terroristerna eller staden? En animé med regi av Shinji Aramaki efter Masune Shirows (Ghost in the Shell) manga med samma namn. Ett visuellt datorgenererat äventyr där musik och handlig lever i perfekt symbios. Musik av bland annat Paul Oakenfold och Boom Boom Satellites.

I en värld där gränsen mellan människa och maskin nästan suddats ut, människor har glömt bort att de är människor. Mänskligheten som finns kvar i en kropp kallas för "ghost". Kan mänsklig kärlek existera utan en fysisk kropp?