Maria är en ung kvinna på jakt efter ett annat sätt att leva. Begränsad av dåtidens hierarkier trotsar Maria sin traditionella familj för att gå med i en ny rörelse som leds av Jesus från Nasaret. Hon påbörjar en resa som kommer att leda till Jerusalem. Maria Magdalena är ett autentiskt porträtt av en av de mest missförstådda andliga figurerna i historien.

Filmen utspelar sig under andra världskriget och bygger på verkliga händelser om djurvårdarna Jan och Antonina Zabinski, som räddade hundratals liv under nazi-invasionen i Polen genom att smuggla judar i tomma burar.

En familj med problem får inse den hårda sanningen att något har gått väldigt fel vid deras sons avlägsna militärpost. Filmen består av tre delar. I den första scenen ringer telefonen hemma hos familjen Feldman. En militär meddelar att sonen Jonathan har omkommit i tjänsten, och i klaustrofobiska bilder i familjens lägenhet gestaltas hur faderns värld rasar samman. Den andra delen är en slags absurdistisk dans vid en avsides gränskontroll, innan den tredje tar oss tillbaka till lägenheten.