Nemo och hans medfångar på straffkolonin i Kalpani tvingas bygga en jättelik ubåt - Nautilus. Så snart den är klar planerar Nemo och hans förtrogna att fly med hjälp av ubåten. Men när direktör Crawley från det hänsynslösa Ostindiska sjöhandelskompaniet anländer och kräver att Nautilus omedelbart ska flyttas till Bombay för att bestyckas tvingas Nemo tidigarelägga sina planer, med vilka han än kan samla till besättning.

Efter att två unga män mystiskt försvunnit från en boskapsranch i Australiens obygd får polisen Jay Swan i uppdrag att utreda händelsen. Till sin hjälp har han den lokala polisen Emma James.