Abe och Aaron arbetar i ett trist industriområde i utkanten av staden. På dagarna slavar de för ett storföretag, men på kvällar och nätter lägger de ner all sin tid på ett eget sidoprojekt: en uppfinning som förminskar massan av de objekt som placeras i den genom manipulation av gravitationskraften. Snart upptäcker de att maskinen också har oväntade egenskaper - den verkar ha en kuslig förmåga att kunna ge Abe och Aaron precis allt vad de önskar sig. Att ta tillvara detta oförutsedda och unika tillfälle blir deras första utmaning... Att möta de skrämmande konsekvenserna blir nästa.

Hank (Pauls Dano) är strandad på en öde ö och har gett upp allt hopp om att ta sig hem igen. När liket Manny (Daniel Radcliffe) spolas upp på land förändras allt. De två bli snabbt vänner och åker på ett fantastiskt äventyr för att ta Hank tillbaka till kvinnan i hans liv. Swiss Army Man visar en värld fylld av fantasi och magisk realism men med riktiga karaktärer man kan relatera till i både drömmar och rädslor.