Neo uppskattar att han har ungefär 72 timmar på sig att förstöra de 250.000 destruktiva sonder han vet är utskickade. Under tiden måste han också bestämma sig för hur han ska rädda Trinity från det mörka öde han drömmer att hon ska drabbas av.

Brit Marling och William Mapother har huvudrollerna som Rhoda och John, två människor vars världar kolliderar i och med en tragisk olycka. Deras intima drama utspelar sig efter den häpnadsväckande upptäckten av Jorden 2, en parallell värld som utgör provocerande och fascinerande möjligheter. Innebär en ny jord en chans till annat liv? Ett annat öde? Ett annat jag?

Kriget drabbar den underjordiska staden Zion, där de sista fria människorna håller sig gömda. Neos krafter är tömda och han driver omkring i ett Ingenmansland mellan Matrix och Maskinvärlden, där Matrix skapats. Morpheus börjar grubbla på om inte Den utvalde, i vilken han investerat ett helt livs tro, bara kanske är ytterligare ett system för kontroll skapat av arkitekterna bakom Matrix.