Indiana har nått kriget och har tagit värvning i den belgiska armén under psedonymen "Henri Defense". Efter en misslyckad militärkampanj vid skyttegravarna på västfronten, hamnar han i ett tyskt fångläger, som han lyckas fly från. Dett blir dock kortvarigt då han tillfångatas och förs till ett fängelse vid fliden Donau, där han lär känna en ung fransman vid namn Charles de Gaulle, som blir en viktig tillgång i nästa flyktförsök.

På ett viktigt militäruppdrag för de allierade i Afrika, råkar Indy på en sjukdomshärjad afrikansk by och lyckas rädda ett litet barn från en säker död. Närvaron av barnet äventyrar uppdraget och försätter Indy i ett moraliskt bryderi där han tvingas kämpa med både sitt samvete och sin pliktkänsla samt sina egna män och fienden medan han kämpar sig genom landet. Deprimerad av allt tumult runt omkring når Indy botten. Hoppet dyker upp personifierad av Albert Schweitzer, en entusiasmerande och engagerad läkare, filosof och musiker. Genom att hjälpa till på Schweitzers djungelsjukhus, återfår Indy tron på mänskligheten och sin livsåskådning för alltid ändrad.

Efter sina upplevelser i Mexiko reser Indy vidare till Irland där han aven slump hamnar mitt i påskupproret, en revolution som senare ledde till landets självständighet. Han och Remi senare vidare till London där han blir kär, träffar sin gamla lärarinna samt äter middag med Winston Churchill, innan resan mot kriget fortsätter.

Året är 1916 och en ung Indiana Jones har lov från skolan under vilket han hoppas spendera tid med sin flickvän Nancy. Detta blir då kortvarigt då spioner försöker stjäla en bilmotor från Thomas Edisons laboratorium. Det hela sätter igång händelser som till slut tar honom till den mexikanska gränsen och ett revolutionskrig under ledning av Pancho Villa.

Indys nästa anhalt i kriget tar honom till det krigshärjade Afrika, där han och Remi får hjälp av en grupp av äldre kommandosoldater för att ta sig an ett nytt och fruktansvärt vapen, en enorm kanon på järnvägsräls.

Indy ställer upp som motorcykelkurir åt fransmännen vid västfronten. Under ett uppdrag fattar han ett vågat beslut att rädda soldater vid frontlinjen. Han reser sedan till Paris där han träffar den berömda soionen Mata Hari. De två påbörjar en virvlande romans, men det dröjer inte länge innan börjar Indy ifrågasätta hennes handlingar under det pågående kriget.

Indiana Jones har förflyttats från den belgiska armén till att tjänstgöra för den franska underättelsetjänsten. Under sitt första uppdrag blir han nedskjuten av den ökände Röde Baronen och upptäcker ett nytt och farligt vapen som tyskarna har tagit fram, som kan förändra krigsutgången. Frågan är dock om han kan lyckas stoppa vapnet innan det är för sent.

När kriget äntligen är över drar Indiana och hans vän Remi ut på skattjakt. Det hela börjar med ett mystiskt ord från en döende man som sätter dem på spåren efter Alexander den stores försvunna diamant.