Rotterdam på 1920-talet. Jacob Katadreuffe grälar med stadens fruktade kronofogde, Dreverhaven. Senare arresteras Jacob för mord på kronofogden. Han hävdar att han är oskyldig och förklarar att Drevharen i själv verket är hans far.

Black Book berättar historien om den unga judinnan Rachel som själv med knapp nöd överlever nazisternas invasion av Holland bara för att tvingas uppleva hur hela hennes familj blir mördad. Fast besluten att hämnas på nazisterna går hon med i motståndsrörelsen för att infiltrera det tyska högkvarteret i Holland. Med kvinnlig list och charm lyckas hon nästla sig in i de högsta kretsarna av nazisternas ledning. Det är dags att förbereda den slutgiltiga uppgörelsen med familjens bödlar.