Jorden år 2050. Lincoln Six-Echo bor i ett till synes utopiskt samhälle. Liksom alla invånare i detta noggrant övervakade område, hoppas Lincoln att få komma till "The Island", den sista oförstörda platsen på planeten. Men Lincoln upptäcker snart att allt som rör hans existens är en lögn. Han och alla de andra invånarna är i själva verket mänskliga kloner, vars enda existensberättigande består i att förse sina original med "reservdelar". När Lincoln insett vad som väntar honom, rymmer han tillsammans med en kvinnlig invånare vid namn Jordan...

Tonårstjejen Emanuel bor med sin far och styvmor. Hennes biologiska mor dog när hon föddes och Emanuel har alltid upplevt en tomhet inom sig. När Linda, en ung, vacker ensamstående mamma, flyttar in i huset bredvid väcks något inom Emanuel. Fascinerad över hur skrämmande mycket Linda påminner om bilderna av hennes egen mor bestämmer sig Emanuel för att lära känna henne bättre.

Peter Parker hittar en ledtråd som kan hjälpa honom att förstå varför hans föräldrar försvann när han var ung. Hans väg sätter honom på kollisionskurs med Dr Curt Connors, sin fars tidigare partner.