Legender drabbar samman när Godzilla och Kong möts i en spektakulär strid, med världens öde som insats. Kong och hans beskyddare ger sig ut på en farlig färd för att finna hans riktiga hem. Med på resan är Jia, en ung fosterbarnsflicka som Kong har format ett unikt och starkt band med. Men de hamnar oväntat i vägen för en rasande Godzilla, som orsakar förstörelse över hela världen. Den episka kollisionen mellan de två ikonerna - initierad av hemliga krafter - är bara början på ett mysterium som ligger dolt djupt inne i jordens kärna.

Den allsmäktige Kong och den skräckinjagande Godzilla ställs mot ett enormt hot som gömmer sig i vår värld, ett hot som utmanar deras existens - och vår egen.