Våra vänner Ash, Pikachu och resten av gänget är på väg för att se Millenniumkometen, en komet som bara visar sig i sju nätter, vart tusende år. På vägen möter de en resande cirkus med trollkonstnären Butler och hans assistent Diane och de blir vänner. Samtidigt som Millenniumkometen visar sig vaknar också Jirachi upp från sin slummer. Jirachi är en pokémon som kan uppfylla önskningar, något som skapar lite kaos i lägret. Speciellt när någon i deras närhet smider onda planer.

Ash och gänget är i Larousse City, huvudcentrum för allt inom högteknologi. Men Ash är inte här för prylarnas och manickernas skull. Han är sugen på upplevelsen i stans kända "Tävlingstorn". Genom ett misstag får han Tory som tävlingspartner, problemet är att Tory är livrädd för pokémon och deras tränare. Plötsligt visar sig ett konstigt ljus på himlen och framkallar en ny pokémon vid namn Deoxys...