Poliserna som är en del av NYPD's Special Victims Unit undersöker fall med sexuella kopplingar. Ursprungsserien, Law & Order fokuserar mer på mordfall, medan SVU handlar om brott som våldtäkter, där offret överlevt och sedan assisterar myndigheterna i deras utredning. Ett flertal veteraner från Law & order-upplagan återfinns även här. Bland annat ser vi Mariska Hargitay, Richard Belzer, Dann Florek och efter första säsongen, rapparen Ice-T.

Rizzoli dyker upp i seriens första roman, The Surgeon, och Isles introduceras i den andra, The Apprentice, som ligger till grund för tv-serien. Boston-detektiv Jane Rizzoli har undersökt en seriemördare vid namn Charles Hoyt. Hoyt, som blev avstängd från läkarutbildningen för att ha smekt ett lik, använde sin omfattande medicinska kunskap för att systematiskt tortera och döda människor, och valde vanligtvis par så att han kunde framkalla mest rädsla hos sina offer. Jane konstaterar Hoyts plats, men när hon letar efter honom, träffas hon i bakhuvudet och slås medvetslös. Hon kläms fast i golvet av skalpeller och vaknar när Hoyt förbereder sig för att skära halsen av henne, men Vince Korsak, Janes partner, hittar henne och skjuter Hoyt och räddar hennes liv. Jane, som resonerar att Korsak aldrig skulle lita på henne som sin partner efter att ha sett henne så sårbar, ansöker om en ny partner.

En dödssjuk patient väntar på att få en levertransplantation men levern finns på en helikopter som blir kapad och teamet måste hitta helikoptern innan det är försent.

Polisen Catherine Chandler arbetar som mordutredare tillsammans med sin partner Tess Vargas och gör allt för att lösa de oräkneliga fall deras chef Joe Bishop tilldelar dem.