En spökhistoria som utspelar sig under spanska inbördeskriget. Föräldralöse Carlos anländer till ett barnhem mitt ute i öknen. En odetonerad bomb har borrat sig ner på innergården och vittnar om farorna ute i landet. Men Carlos märker snart att även barnhemmet döljer sina hemligheter. En pojke är försvunnen och de andra barnen viskar om “den som suckar”.

Året är 1944, slutet av det spanska inbördeskriget. Ofelia och hennes mamma Carmen flyttar upp i bergen där Carmens nye man kapten Vidal och hans män i Francos armé, strider mot de sista motståndsmännen. Ofelia dras mot en övervuxen labyrint i närheten av deras nya hem. I denna förtrollade värld möter hon labyrintens väktare, den mäktige Pan, som hävdar att han känner till hennes riktiga identitet och hennes hemliga öde. För att få reda på sanningen utsätts Ofelia för tre farliga uppdrag och ett skrämmande och häpnadsväckande äventyr tar sin början. Men i bakgrunden lurar Kapten Vidals verklighet som blir allt svårare att skydda sig ifrån…