När Jay undersöker ett rutinärende upptäcker han en stor intergalaktisk komplott som planerats av Serleena, ett ont rymdmonster förklätt till tjusig modell. När Serleena tar hela MIB-byggnaden som gisslan finns det bara en som kan hjälpa Jay, nämligen Kay. Kay jobbar numera på posten, lever ett stilla familjeliv och har ingen aning om att han varit en agent inom MIB. Jay måste locka tillbaka Kay från sitt trygga jobb på posten för att han tillsammans med Jay än en gång ska rädda jorden från undergång.

Upper West Side i New York. Här bor Joe Fox och Kathleen Kelly. Båda gör sina matinköp på Zabars, båda intar sin cappuccino på samma Starbucks-kafé, båda tar sin söndagspromenad på samma gator i området. Joe bor ihop med Patricia Eden, en framgångsrik bokförläggare. Kathleen är sambo med Frank Navasky, en samhällsengagerad journalist. Kathleen har ärvt sin mors barnbokhandel "The Shop Around the Corner" där hon har kompetent personal, grupphögläsning m m. Joe är son till en mäktig bokhandlarfamilj som nu planerar att etablera sig i kvarteret intill med en supermarket i böcker, cappuccinobar, prålig arkitektur och extrapriser. Kathleen och Joe utbyter e-post över sina datorer; hon under namnet "Shopgirl" och han under namnet "NY152". Joe upptäcker "Shopgirls" identitet och börjar uppvakta henne.

En meta-meta-film som följer den neurotiske författaren Harry Block, på flera nivåer. Dels i hans egna desperata försök att få någon att följa med honom till hans gamla skola där han ska erhålla ett hedersutnämnande, dels i scener från tidigare skeden i hans liv och dels i scener från hans böcker, baserade på hans liv.