Keroro Gunso, grodan från rymden, är på hemligt uppdrag. Hans uppgift är att ta reda på så mycket han kan om jorden, och sedan rapportera till invaderingsstyrkorna. Men det går inte som han har tänkt sig. Han nästlar sig in i familjen Hinata, men syskonen Fuyuki och Natsumi upptäcker honom och tar kontrollen! Tror de i alla fall. Rätt så snart dyker det upp fler grodor från rymden ...