När Neo en kväll förs iväg av Trinity och finner sig själv öga mot öga med Morpheus blir han erbjuden ett livsavgörande val. Tar han den röda tabletten får han veta sanningen om Matrix och den värld han tror sig leva i. Tar han den blå glömmer han att någonsin mött Morpheus och fortsätter det liv han nu lever i ovisshet.

Neo uppskattar att han har ungefär 72 timmar på sig att förstöra de 250.000 destruktiva sonder han vet är utskickade. Under tiden måste han också bestämma sig för hur han ska rädda Trinity från det mörka öde han drömmer att hon ska drabbas av.

Många öden från samhällets olika sociala skikt vävs samman i Hudson City, New Jersey. Nick försöker ta sig ur det korrupta systemet. Han slutar sitt jobb men flyr undan ledan med sprit, knark och småbrott. Samtidigt strävar den svarte politikern Wynn att till vilket pris som helst värva röster och ta över makten.