Captain Phillips bygger på en sann berättelse och fokuserar på Alabamas befälhavare, kapten Richard Phillips, och den somaliska piratkaptenen Muse, som tar honom som gisslan. De två männen hamnar på kollisionskurs när Muse och hans besättning anfaller Phillips obeväpnade fartyg. I dödläget som sedan följer upptäcker de båda att deras öde vilar i någon annans händer.

Kriget mot droger vid den amerikansk-mexikanska gränsen har eskalerat och kartellerna har börjat smuggla terrorister över gränsen. För att utkämpa gränskriget skickas den federala agenten Matt Graver ut i fältet, som återigen anlitar den oförutsägbare colombianen Alejandro.

Journalisterna Martin Schibbye och Johan Persson sätter allt på spel när de korsar gränsen mellan Somalia och Etiopien. De vill undersöka hur jakten på olja drabbar befolkningen och med egna ögon ta reda på sanningen. Fem dygn senare ligger de skjutna i öknen och en annan historia tar sin början.