The Strain är en konceptthriller som berättar historien om doktor Ephraim Goodweather, ledaren för smittskyddsinstitutets specialistgrupp Canary i New York. Han och hans team tillkallas för att undersöka ett virusutbrott som tyder på en uråldrig och ond vampyrsmitta. Allt eftersom smittan sprider sig, strider Eph och hans team för själva mänsklighetens öde.

Efter ett århundrade av tystnad utbryter krig mellan Federationen och Klingonimperiet, och i centrum för konflikten står en vanärad officer från Stjärnflottan.