Det framtida samhället har förbjudit sex och använder droger för att kontrollera människorna. Men THX 1138 och hans flickvän vägrar ta drogerna och kastas i fängelse.

Efter det att Taylor och hans besättning försvann så är det här berättelsen om den räddningsexpedition som skickades ut för att hitta honom. Filmen tar ett djupare kliv ner i apornas egna interna och sociala stridigheter som man kunde skymta i den första filmen. Aporna är uppdelade i tre fraktioner, Gorillorna som står för den militära delen, schimpanserna som står för den forskande delen, och orangutangerna som står för den religiösa. Gorillorna vet att människorna finns i den del av landet som kallas "The Forbidden Zone" och det är dit deras korståg skall gå för att utrota människan.

Alonzo Hawk, en mäktig och girig affärsman vill bygga världens största byggnad i San Fransisco och allt går som planerat, förutom för en liten Dam vid namn Steinmetz, som vägrar flytta från sin gamla brandstation som är den enda byggnaden som står i vägen för Hawks påtänkta byggnad. Mrs Steinmetz står ståndaktigt emot med hjälp av bland annat en viss folkvagnsbubbla...