I dimensionen Vestoria fanns en Bakugan som kallades Naga och som beslutade sig för att absorbera energin av två kärnpunkter för att behålla dimensionerna på plats. Men något gick fel och Naga råkade absorbera för mycket negativ energi. Dan som kommer att bli Bakuganen Dragonids närmaste man får i uppdrag att hitta Naga för att återställa ordningen.

Möt Spike och Jet, en lösdrivare och en pensionerad cyborgpolis, som har startat en prisjägarkarriär tillsammans. De huserar i det före detta fiskeskeppet Bebop och har hjälp av den intelligenta datahunden Ein och den sexiga Faye Valentine. Spike och Jet är fast beslutna att rensa upp galaxen i sin jakt på prispengar.