När Phineas, Ferb och Perry följer Dr Doofenshmirtz genom hans "Andra-dimensionator" hamnar de i ett alternativt universum där en andra, verkligt ond Dr. Doof härskar över sitt Trestatsområde, med hjälp av en hänsynslös robotarmé. För att rädda sina vänner från en säker undergång, tvingas Perry ge upp sin hemliga identitet och avslöja att det är han som är Agent P. En episk strid tar sin början medan våra hjältar försöker rädda sina hem från att hamna i klorna på den onda Dr Doof. Kommer den onda Doof att lyckas uppnå dubbla världsmakter? Kommer Candace äntligen att ta sina bröder på bar gärning? Svaren finns i detta actionfyllda äventyr - så storslaget att det överskrider tid och rum!

Efter att upprepade gånger ha misslyckats med att sätta dit sina skojfriska bröder Phineas och Ferb känner sig den sedan länge plågade Candace som att Universum är emot henne. När Candace rövas bort av rymdvarelser hamnar hon på en planet långt borta utan jobbiga bröder och där dyrkas hon som en hjältinna! Under tiden tar sig Phineas och Ferb över galaxen för att hämta tillbaks Candace samtidigt som de avslöjar rymdvarelsernas onda hemligheter.