Handlingen utspelar sig sex år efter händelserna i den första filmen och kretsar kring en sistaårsstudent på high school som får föraningar om en fatal olycka i en nöjespark som involverar henne och hennes vänner. När vännerna överlever det som verkade vara en olycka med berg-och-dalbanan börjar tonåringarna märka vad som händer om man lurar döden...

I sitt nya äventyr kämpar Scooby och det övriga i Mysteriegänget mot en namnlös maskerad skurk, som planerar att ta över staden Coolsville.Detta tänker han göra genom att skapa kaos med hjälp av en monstermaskin, som frammanar Mysteriegängets klassiska fiender, som exempelvis Svarte Riddaren och Voltspöket.Under tiden bevakas gängets försök att lösa gåtan av den outtröttliga undersökande reportern Heather Jasper-Howe, tillsammans med Coolsvilles museiintendent Patrick Wisely. I bakgrunden lurar också den elake Jeremiah Wickles...