Katayama är på väg hem till sin familj när han stöter på ett gäng ungdomsligister som misshandlar en man på en bakgata. Han går emellan och vinner mot alla odds slagsmålet. En av ligisterna beslutar sig för att hämnas och kidnappar och mördar Katayamas lilla dotter. Mördaren åker fast, men istället för att Katayama får stöd och tröst får han istället själv stor del av skulden. Inte långt därefter begår dessutom hans fru självmord och Katayamas liv slås helt i spillror. Tre år efter händelserna släpps mördaren - nu med en ny identitet - fri och när Katayama får reda på detta tar han direkt upp jakten på honom.

Äventyr exploderar i action när Mewtwo, en bio-framställd Pokemon skapad från Mew´s DNA, den mest sällsynta av alla Pokemon, gör debut. Besluten att visa sig överlägsen lurar Mewtwo Ash, Pikachu och alla de andra till en Pokemon-match som ingen sett förrut. Mewtwo mot Mew, Super kloner mot Pokemon. Det är den ultimata striden med världens överlevnad som första pris!