En man vaknar upp nedanför en brant klippa efter en bilkrasch. Han är skadad, hans ben är fastklämda och han har inget minne av vem han är eller hur han hamnat där. Hans enda sällskap är en sprakande radio som berättar om ett våldsamt bankrån som gått fel, och så ett lik i baksätet med en plånbok som identifierar personen som en av rånarna. När mannen lämnar bilvraket måste han lita till sina grundläggande instinkter och använda vad han kan hitta i den omgivande vildmarken för att överleva. Han ställs inför utmanande svårigheter och tvingas upptäcka vem han verkligen är och slutligen möta konsekvenserna av detta.

Filmen utspelar sig före händelserna i X-Men och berättar historien om Wolverines våldsamma förflutna, hans komplexa förhållande till sin bror Victor Creed och jakten på dem som är ansvariga för hans älskades död.

I början av civilisationen var han dyrkad som en gud. Apocalypse, den första och starkaste av alla mutanter i X-Men universumet, tog krafter från andra mutanter för att bland annat bli odödlig och oövervinnelig. Efter tusentals år vaknar han igen och blir djupt besviken på den nya värld han möts av. Han rekryterar flertalet mutanter, bland annat en förkrossad Magneto, för att rensa världen på människor och skapa en ny världsordning där han själv regerar. Ställda inför detta hot måste Raven med hjälp av Professor X leda ett team av unga X-Men för att rädda mänskligheten från total undergång.