Serien handlar om Yusei Fudo, en ung kille som lever sitt liv på gatorna tillsammans med sina vänner. Domino City har nu blivit uppdelat i två delar: New Domino City (Neo Domino City i den japanska versionen) och Satellite. Rex Goodwin, Domino Citys starke man, den som delade upp staden i två delar och i den mindre delen, Satellite, tvingar han befolkningen att jobba och producera varor åt New Domino City. Området, som utgörs av en ö, används även som ett fängelse för diverse skurkar. Det finns bara en väg därifrån, en "pipeline" som används för att transportera fångar och mat till ön. I serien har man, förutom vanlig duellering, uppfunnit en ny duellmetod: "Riding Duel". Man duellerar på motorcyklar (så kallade "D-Wheels).

År 2024 lurar groteska monster bland Japans ruiner, medan de få överlevande skrapar ihop vad de kan hitta för att överleva. Kiruko accepterar en mystisk kvinnas önskan på dödsbädden att ta en pojke vid namn Maru till ett ställe kallat ”himlen”.