Den unga flickan Sheeta jagas av både pirater och armén som är ute efter det mystiska halsband som har funnits i hennes familjs ägo i generationer. Hon möter gruvarbetarpojken Pazu som hjälper henne komma undan förföljarna. Stenen i halsbandet leder dem mot det mytomspunna Laputa, en flygande ö som döljer otroliga krafter och rikedom.