Tre år efter att de överlevande från Battle Royale, Nanahara och Nakagawa, flydde från ön har världen gått in i en era av terror. På flykt undan den internationella rättvisan är Nanahara ledare för ”Wild Seven”, en terroristgrupp som motsätter sig Battle Royale och myndigheterna och som förklarat krig mot de vuxna som tvingar ungdomar att mörda varandra under Battle Royale-lagen. Nanahara har blivit anklagad för at vara hjärnan bakom ödeläggelsen av Capitolium. I rättvisans namn har de vuxna nu drivit igenom en ny lag mot terrorism, Millennium Anti-Terrorism Act, eller Battle Royale 2. 42 niondeklassare på väg till en skidsemester förs bort av militären. Alla elever tvingas bära ett dödligt elektroniskt halsband och deras uppdrag blir att eliminera Nanahara eller dö. En av eleverna vägrar att delta i jakten på Nanahara och en dödlig stöt från halsbandet avrättar eleven direkt på platsen. Ytterligare en elev avrättas. Endast 40 elever finns kvar...

När de Legendariska Pokémon Raikou, Entei och Suicune plötsligt dyker upp och härjar på stadens gator måste Ash och hans gäng, tillsammans med deras nya vän Zorua, avslöja hemligheten bakom de otroliga krafter som vaknat. Vad är det för märkliga och farliga krafter som rör sig i Crown City? Varför har Celebi plötsligt kommit tillbaka efter att ha varit försvunnen i 20 år? Och varför låter den mäktiga Zoroark drabba staden med all sin vrede? Kan Ash och hans vänner finna modet, styrkan och vänskapen som behövs för att avslöja hemligheten i tid och RÄDDA CROWN CITY?