Efter det att Taylor och hans besättning försvann så är det här berättelsen om den räddningsexpedition som skickades ut för att hitta honom. Filmen tar ett djupare kliv ner i apornas egna interna och sociala stridigheter som man kunde skymta i den första filmen. Aporna är uppdelade i tre fraktioner, Gorillorna som står för den militära delen, schimpanserna som står för den forskande delen, och orangutangerna som står för den religiösa. Gorillorna vet att människorna finns i den del av landet som kallas "The Forbidden Zone" och det är dit deras korståg skall gå för att utrota människan.