Filmen utspelar sig i den amerikanska södern och första halvan av filmen skildrar det amerikanska inbördeskriget. Tonvikten på samhörigheten mellan det vita nord och syd inom en nation är tydlig. Filmens andra halva skildrar tiden efter krigsslutet, då slaveriet upphör och södern invaderas av svarta och personer av blandat afrikanskt och europeiskt ursprung. De vita huvudpersonerna är förtvivlade, men en av dem får plötsligt inspiration när han ser små barn leka med lakan – han grundar Ku Klux Klan. Nationens födelse är kontroversiell, öppet rasistisk men även en oerhört inflytelserik stumfilm.

Intolerans och dess fruktansvärda konsekvenser, men även kärlekens universella språk, undersöks här i fyra historiska sammanhang av pionjären D.W. Griffith. Handlingen sträcker sig över 2 500 år och är förlagd till Babyloniska riket 539 f.Kr., Judéen omkring år 27, Frankrike 1572 och till det moderna Amerika 1914.